കേസ് അന്വേഷണത്തിൻ്റെ ഭാഗമായി ഭൂമിയിടപാടിലെ ഇടനിലക്കാർക്ക് ഇ.ഡി നോട്ടീസ് കൈമാറിയിരുന്നു. ആധാരത്തിൽ കാണിച്ച തുകയേക്കാൾ വലിയ ഭൂമിയിടപാടാണ് നടന്നതെന്നാണ് ഇ.ഡി വ്യക്തമാകുന്നത്. നികുതി വെട്ടിപ്പ് കണ്ടെത്തിയതിനെ തുടർന്ന് 6.5 കോടി രൂപ പിഴയായി ഈടാക്കണമെന്ന നിർദേശം ആദായ നികുതി വകുപ്പ് സഭയ്ക്ക് നൽകിയിരുന്നു. കേസിൽ ഹൈക്കോടതി നിർദേശത്തെ തുടർന്ന് കർദിനാൾ മാർ ജോർജ് ആലഞ്ചേരിക്കെതിരെ റവന്യൂ സംഘത്തിൻ്റെ അന്വേഷണവും സമാന്തരമായി നടക്കുന്നുണ്ട്. ഇടപാടിൽ പുറമ്പോക്ക് ഭൂമി ഉൾപ്പെട്ടിട്ടുണ്ടോ, തണ്ടപ്പേര് തിരുത്തിയോ, സർക്കാർ ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ സഹായം ഇടപാടിന് ലഭിച്ചോ എന്ന കാര്യങ്ങളാണ് പ്രധാനമായി അന്വേഷിക്കുന്നത്.
പോലീസ് അന്വേഷണത്തിൽ ഭൂമിയിടപാടിനായി വ്യാജപട്ടയം തയ്യാറാക്കിയതായും തണ്ടപ്പേര് തിരുത്തിയതായും കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. യാഥാർഥ പട്ടയത്തിൻ്റെ അവകാശിയെ കണ്ടെത്തിയ പോലീസ് കൂടുതൽ അന്വേഷണത്തിന് ശുപാർശ ചെയ്തിരുന്നു. റിപ്പോർട്ട് വേഗം നൽകണമെന്നാണ് നിർദേശം. വിചാരണയിൽ ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവിനെതിരെ സുപ്രീം കോടതിയെ സമീപിക്കുമെന്ന് കർദിനാൾ അറിയിച്ചെങ്കിലും അതിനിടെ ഭൂമിയിടപാടിൽ റവന്യൂ സംഘം അന്വേഷണം ആരംഭിചു. ഭൂമി ഇടപാടിൽ കർദ്ദിനാൾ വിചാരണ നേരിടണമെന്ന സെഷൻസ് കോടതി ഉത്തരവ് ഹൈക്കോടതി ശരിവച്ചിരുന്നു. ഭൂമിയിടപാടിൽ തനിക്കെതിരായ എട്ട് കേസുകളും റദ്ദാക്കണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് കർദിനാൾ ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചിരുന്നു. എന്നാൽ വിചാരണ നേരിടണമെന്ന നിലപാടാണ് ഹൈക്കോടതിയുടെ ഭാഗത്ത് നിന്നുമുണ്ടായത്.
ഭൂമിയിടപാട് കേസിൽ കർദിനാൾ മാർ ജോർജ് ആലഞ്ചേരിക്കെതിരെ സംസ്ഥാന സർക്കാർ അന്വേഷണം പ്രഖ്യാപിച്ചിരുന്നു. ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവിൻ്റെ അടിസ്ഥാനത്തിലാണ് നടപടി. ലാൻഡ് റവന്യൂ അസിസ്റ്റൻ്റ് കമ്മിഷണറുടെ നേതൃത്വത്തിൽ ഏഴംഗ സമിതിയാകും അന്വേഷണം നടത്തുന്നത്. എറണാകുളം അങ്കമാലി അതിരൂപതയുടെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള കാക്കനടുള്ള 60 സെൻ്റ് ഭൂമി വിൽപ്പന നടത്തിയതിലൂടെ സഭയ്ക്ക് വൻ സാമ്പത്തിക നഷ്ടം ഉണ്ടായെന്നും സഭയുടെ വിവിധ സമിതികളിൽ ആലോചിക്കാതെയാണ് ഭൂമി ഇടപാട് നടത്തിയതെന്നുമാണ് കേസ്.
സഭയുടെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള ഭൂമി വിറ്റതുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് അതിരൂപതയ്ക്ക് കോടികളുടെ നഷ്ടം സംഭവിച്ചെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടി എറണാകുളം സ്വദേശിയായ പാപ്പച്ചൻ നല്കിയ ഹര്ജി പരിഗണിച്ചായിരുന്നു കോടതി കര്ദിനാള് മാര് ജോര്ജ് ആലഞ്ചേരിയടക്കമുള്ളവരെക്കെതിരെ കേസെടുക്കാൻ ഉത്തരവിട്ടത്. കോടതി ഉത്തരവ് പ്രകാരം എറണാകുളം സെൻട്രൽ പോലീസാണ് കേസെടുത്തത്.
കര്ദിനാള് ആലഞ്ചേരിയ്ക്ക് പുറമെ സഭാ പ്രൊക്യുറേറ്ററായിരുന്ന ഫാദര് ജോഷി പുതുവ, ഇടനിലക്കാരനായ സാജു വര്ഗീസ് എന്നിവര്ക്കെതിരെയും കേസുണ്ട്. കേസിൽ ഇവര്ക്കെതിരെ കേസെടുത്ത് അന്വേഷിക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് നേരത്തെ എറണാകുളം സെൻട്രൽ പോലീസ് സ്റ്റേഷനിൽ പരാതി നല്കിയിരുന്നെങ്കിലും പോലീസ് കേസ് രജിസ്റ്റര് ചെയ്യാൻ തയ്യാറായിരുന്നില്ല. ഇതേത്തുടര്ന്ന് ഹര്ജിക്കാരൻ കോടതിയെ സമീപിക്കുകയായിരുന്നു. വിവാദ ഭൂമിയിടപാടുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പല കോടതികളിലായി ഏഴു കേസുകളാണ് നിലവിലുള്ളത്. ഭൂമി വാങ്ങിയ സാജു വർഗീസിനെ പരിചയപ്പെടുത്തിയത് കർദിനാൾ മാർ ജോർജ് ആലഞ്ചേരി ആണെന്ന് മുന് പ്രൊക്യുറേറ്റര് ഫാദർ ജോഷ് പുതുവ നിര്ണായക മൊഴി നല്കിയിരുന്നു.