തോമസ് മാർ അത്തനാസിയോസിൻ്റെ മരണം കൊലപാതകമാണെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടി പുത്തൻ കുരിശ് സ്വദേശി തോമസ് ടി പീറ്റർ നൽകിയ പരാതിയിൽ ഏറണാകുളം അഡീഷണൽ ചീഫ് ജുഡീഷ്യൽ മജിസ്ട്രേറ്റ് കോടതി നിർദേശപ്രകാരം നോർത്ത് പോലീസാണ് കേസ് രജിസ്റ്റർ ചെയ്തത്. ഓർത്തഡോക്സ് സഭാ കാതോലിക്കാബാവ ഗീവർഗീസ് മാർ യൂലിയോ മെത്രാപ്പോലീത്ത, ഓർത്തഡോക്സ് ചർച്ച് സെക്രട്ടറി ബിജു ഉമ്മൻ എന്നിവരെ ഉൾപ്പെടുത്തിയാണ് പോലീസ് കേസെടുത്തത്.
കൊലപാതകം, ഗൂഢാലോചന അടക്കമുള്ള വകുപ്പുകൾ പ്രകാരമാണ് എഫ് ഐ ആർ രജിസ്റ്റർ ചെയ്തത്. 2018 ഓഗസ്റ്റ് 24 പുലർച്ചെയാണ് അത്തനാസിയോസ് എറണാകുളം പുല്ലേപ്പടിക്ക് സമീപത്തുവച്ച് ട്രെയിനിൽ നിന്ന് വീണ് മരിച്ചത്.
ഗുജറാത്തിൻ്റെ തൻ്റെ നേതൃത്വത്തിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്ന സ്കൂൾ സന്ദർശിച്ച് മടങ്ങിവരുന്നതിനിടെയാണ് അത്തനാസിയോസ് ട്രെയിനിൽ നിന്ന് വീണ് മരിച്ചത്. സംഭവത്തിൽ പോലീസ് അസ്വാഭാവിക മരണത്തിന് കേസെടുത്ത് അന്വേഷണം നടത്തിയെങ്കിലും കൊലപാതകമാണെന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്ന തെളിവുകൾ ലഭിച്ചിരുന്നില്ല. എറണാകുളം സൗത്ത് സ്റ്റേഷനിൽ ഇറങ്ങാനായി വാതിലിനരികെ നിൽക്കുന്നതിനിടെ വാതിൽ ശക്തമായി വന്നിടിച്ച് അദ്ദേഹം പുറത്തേക്ക് തെറിച്ച് വീണെന്നായിരുന്നു ആദ്യ നിഗമനം. പോലീസും നാട്ടുകാരും നടത്തിയ തിരച്ചിലിലാണ് മൃതദേഹം കണ്ടെത്തിയത്.